Tuy nhiên, EU vẫn áp dụng một biện pháp kiểm soát đối với thủy sản nuôi từ Inđônêxia, theo đó 1/5 số lô hàng phải qua kiểm nghiệm dư lượng kháng sinh.
Đây là hệ luỵ từ chuyến thanh tra của EU tại Inđônêxia hồi tháng 11/2009, với kết luận cho rằng, hệ thống kiểm soát kháng sinh trong ngành nuôi trồng thủy sản của nước này cần được cải thiện.
Từ cuối năm 2009, EU đã áp dụng kiểm tra bắt buộc 100% đối với kim loại nặng như thủy ngân và chì trong thủy sản khai thác tự nhiên của Inđônêxia như cá ngừ, trước khi cho phép NK vào thị trường này.
Việc kiểm tra làm cho thời hạn giao hàng bị chậm thêm từ 3 – 5 ngày đồng thời làm phát sinh phí kiểm tra và thuê kho lạnh.
Do vậy, nhiều nhà nhập khẩu EU đã chọn các nhà cung cấp từ các nước khác thay thế cho các sản phẩm của Inđônêxia.