Nhiều trong số các dự án này thuộc loại lớn nhất trên thế giới, với những ảnh hưởng nghiêm trọng tới sinh thái sông, di chuyển hàng trăm nghìn người các dân tộc thiểu số và quan ngại về sự an toàn ở các nước hạ nguồn. Một số dự án thì ở trong hoặc sát ngay khu Di sản văn hóa thế giới sông Tam Giang, đe dọa hủy hoại sinh thái của một trong những khu vực đa dạng sinh học và kỳ thú nhất trên thế giới.
Trong những điều đáng lo ngại là nguy cơ các đập ở tây nam Trung Quốc có thể gây ra động đất. Bằng chứng mới đây cho thấy rằng, trận động đất kinh hoàng 7,9 độ richter ở Tứ Xuyên hồi tháng 5/2008, làm chết khoảng 90.000 người, có thể do đập Zupingpu gây ra.
Theo nhà nghiên cứu biến động địa chất Christian Klose tại Đại học Columbia, "khoảng vài trăm triệu tấn nước lưu trữ sau đập Zipingpu đã đặt quá nhiều áp lực lên đường đứt đoạn ở huyện Bắc Xuyên". Các nhà nghiên cứu địa chất xác định rằng, sức nặng của hồ nước (325 triệu tấn) đã đè lên các đường rãnh nứt nằm sâu trong lòng đất, ép hai bờ của rãnh nứt chồng chéo lên nhau, gây va chạm và sau đó khiến chúng tách rời nhau, tạo ra động đất.